Thayná Juliane Guerra da Silva
No dia 27 de abril de 2023, Thayná Juliane Guerra da Silva aluna de Mestrado do Programa de Pós-graduação em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente do Instituto de Pesquisas Ambientais defendeu sua dissertação intitulada “ Papel das variações nas famílias de dna repetitivo em brasiliorchis r.b.singer, s.koehler & carnevali (orchidaceae)”, de forma remota através da plataforma google meet.
A banca examinadora foi presidida pela sua orientadora Profa. Dra. Ana Paula de Moraes Universidade Federal do ABC (UFABC), tendo como membros Dra Magdalena Vaio Universidad de la República UdelaR (UDELAR)) e Dra. Géssica Souza Ramos Universidade do Estado da Bahia (UNEB).
Papel das variações nas famílias de DNA repetitivo em brasiliorchis singer, koehler & carnevali (orchidaceae)
ABSTRACT
The species Brasiliorchis schunkeana, a species of typical black flowers, stands out also for presenting large blocks of AT-rich heterochromatin in six of its 40 chromosomes. The presence of heterochromatic blocks is a common characteristic, but these are commonly formed by CG-rich DNAsat that form bands on the chromosomes. AT-rich heterochromatic blocks that occupy almost all of the chromosomes are rare. In association with these large blocks, this species presents an increase in GS (2C=4.19pg) compared to other species in the genus (average 2C=3.19pg), but with maintenance of the chromosome number (2n=40 in all species of the genus). Changes in GS in plants are often attributed to the expansion/retraction of TEs, dispersed repetitive sequences. Thus, this dissertation aimed to identify whether the variation in GS in B. schunkeana is due to variation in the fraction of TEs or DNAsat and which sequence(s) caused the change in GS. To perform this study, a comparative genomic analysis was carried out between B. schunkeana and the type species of the genus, B. picta. The main component of the repeatome of both species is constituted by LTR retroelements, with the OGRE lineage being the most representative. However, the TE composition is homogeneous between the two species, unlike the fraction of DNAsat: 6% of the genome (9% of the repeatome) of B. schunkeana was annotated as DNAsat, twice the amount annotated for B. picta. Of the three most representative DNAsat clusters, two have an AT-rich composition, which is compatible with the presence of DAPI+ heterochromatic blocks in the genome of B. schunkeana. Finally, we conclude that the variation in genome size in B. schunkeana is due to the amplification of DNAsat, CL 32 and 51 sequences, and not to the expansion of TEs.
Keyword: Satellite DNA, Transposable Elements, NGS.
RESUMO
A espécie Brasiliorchis schunkeana, uma espécie de flores negras típicas, se destaca também por apresentar grandes blocos de heterocromatina ricos em AT em seis dos seus 40 cromossomos. A presença de blocos heterocromáticos é uma característica comum, porém estes são comumente formados por DNAsat rico em CG que formam faixas nos cromossomos. Blocos heterocromáticos ricos em AT e que ocupam quase a totalidade dos cromossomos são raros. Em associação a esses grandes blocos, essa espécie apresenta um aumento do GS (2C=4,19pg) em comparação com as demais espécies do gênero (2C médio=3,19pg), mas com manutenção do número cromossômico (2n=40 em todas as espécies do gênero). Alterações no GS em plantas são frequentemente atribuídas à expansão/retração de TEs, sequências repetitivas dispersas. Dessa forma, esta dissertação visou identificar se a variação do GS em B. schunkeana deve-se à variação na fração de TEs ou DNAsat e qual(is) sequência(s) causaram a mudança no GS. Para realizar tal estudo, foi feita uma análise genômica comparativa entre B. schunkeana e a espécie tipo do gênero, B. picta. O principal componente do repetoma das duas espécies é constituído por retroelementos do tipo LTR, com a linhagem OGRE sendo a mais representativa. Porém a composição de TE é homogênea entre as duas espécies, diferente da fração de DNAsat: 6% do genoma (9% do repetoma) de B. schunkeana foi anotado como DNAsat, o dobro do anotado para B. picta. Dos três cluster mais representativos de DNAsat, dois apresentam composição rica em AT, o que é compatível com a presença de blocos heterocromáticos DAPI+ no genoma de B. schunkeana. Por fim, concluimos que a variação do tamanho de genoma em B. schunkeana deve-se a amplificação de DNAsat, sequências CL 32 e 51, e não a expansão de TE.
Palavra-chave: DNA satélite, Elemento transponíveis, NGS.
Thayná Juliane Guerra da Silva
Papel das variações nas famílias de DNA repetitivo em brasiliorchis singer, koehler & carnevali (orchidaceae)
VOLTAR AS DISSERTAÇÕES E TESES