BIB 5713 – MÉTODOS ANALÍTICOS DE SEQUÊNCIAS DE DNA PARA ESTUDOS EM DIVERSIDADE

Profs. Resp.: Drs. Valéria Cassano e Carlos Frederico Deluque Gurgel (UFSC)

Dia da Semana: 2 a 6ª feira

Horário: 9 às 16h

Período: 10 a 14/02/2020

Cancelar até: 11/02/2020

Créditos: 2

Vagas: máximo 25

Local: Sala 5, Centro Didático – IB/USP

 

OBS.: Os alunos devem trazer seus computadores para as aulas práticas.

CONTEÚDO: Breve revisão dos princípios de Sistemática e teoria e principais métodos de análise filogenética; pré-análise: cross-capillary (e outros tipos) de contaminação. Algoritmos de alinhamento de DNA, indels, eletroferogramas e contig back-check; concatenação e análise de partição: seleção de modelos, testes de concatenação, congruência, máxima verossimilhança e análise bayesiana de partição; ML e Bayesiana: Teste de hipóteses de topologia, tamanho do conjunto de dados, opções de software e diferenças, web-servidores, burn-in, “dos e dont’s”; bacode de DNA: breve revisão dos princípios e teoria. Delineamento experimental; métodos de código de barras de DNA: Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD), abordagens de máxima verossimilhança e bayesiana para modelos General Mixed Yule Coalescent (GMYC) e Poisson Tree Process approach (PTP); introdução à análise de informações intraespecífica derivada de dados de sequência de DNA: as diferenças entre os processos evolutivos macro e micro, princípios em genética populacional, índices de diversidade genética da população e diferenciação.