Em reunião plenária realizada em 19 de maio de 2006, o qual contou com a participação do pesquisador Cláudio José Ferreira, do IG, o CBH-LN definiu sete projetos a serem financiados pelo FEHIDRO num total de R$1.187.000,00. Dentre os projetos aprovados consta o projeto Modelagem de Sistema de Informação e implantação de portal WEB para o CBH-LN, orçado em R$156.618,72, do qual o Instituto Geológico faz parte. Os demais projetos tratam das questões de saneamento na ilha Montão de Trigo (R$123.396,84), coleta de lixiviado de chorume de aterro em Ubatuba (R$265.000,00), despoluição e recuperação de cachoeiras (R$227.300,00), educação ambiental para gestão das águas nas escolas municipais de Ubatuba (R$104.134,84), monitoramento da bacia do rio Claro em Caraguatatuba (R$146.134,84) e saneamento no Sertão da Fazenda, núcleo Picinguaba (R$164.905,36). Ficou decidido, igualmente, que o saldo remanescente de R$125.180,64 será utilizado para financiamento de projeto de atualização do relatório de situação e plano de bacias, a ser apresentado pela Cooperativa de Serviços e Pesquisas Tecnológicas e Industriais (CPTI) com base em oficina de planejamento a ser realizado em 20 de junho de 2006.

O comitê discutiu também, a instituição da Agência de Bacias do Litoral Norte e a cobrança pelo uso da água. Nas palavras da secretária executiva do Comitê, Rosa Maria Mancini, o encontro dos quatro prefeitos da região (Juan Garcia, São Sebastião; Eduardo de Souza Cesar, Ubatuba, José Pereira de Aguilar, Caraguatatuba, Manoel Marcos de Jesus Ferreira, Ilhabela) e o compromisso conjunto de instituir a agência, foi “histórico”.

Na reunião ficou decidido ainda, a mudança, a pedido, da Sra. Marcela Sodré, da vice-presidência do comitê. O novo vice-presidente indicado pela sociedade civil foi o Sr Paulo André Cunha Ribeiro, representante da Associação dos Engenheiros, Arquitetos e Agrônomos de Caraguatatuba.