Os Hyphomycetes aquáticos são fungos que habitam águas correntes bem oxigenadas e moderadamente turbulentas. Recentemente têm sido observados também em águas poluídas, submetidas à intensa influência antrópica. Esses fungos são divididos em dois grupos: os que dependem fortemente da água em pelo menos parte do seu ciclo de vida e os que toleram bem o ambiente aquático, à despeito de sua origem fora dele. Ambos exercem papel fundamental na decomposição de folhas e outros materiais presentes nos corpos d´água. A avaliação do número de espécies desses fungos, das características da água e do processo de decomposição da matéria orgânica nos corpos d’água é uma das maneiras mais eficientes de caracterizar a qualidade do ambiente. Estes temas foram estudados por pesquisadores do Instituto de Botânica em áreas de Mata Atlântica preservada, como Ilha do Cardoso, Ilhabela e Paranapiacaba. Nos estudos realizados nesses ambientes, eles encontraram várias espécies pela primeira vez em nosso estado e espécies novas foram descritas. Por outro lado, os levantamentos dos Hyphomycetes aquáticos realizados nas águas urbanas nos parques municipais e também no PEFI, revelaram uma diversidade desses fungos maior do que inicialmente se esperava, estimulando a continuação da investigação desse tipo de ambiente. Segundo A pesquisadora Iracema Helena Schoenlein-Crusius, estudos em áreas de litoral são importantes porque revelam muitas novidades micológicas e proporcionam a construção do perfil microbiológico de áreas que ainda se encontram muito bem preservadas, enquanto os estudos em áreas que sofrem severa influência antrópica ou que estão em fase de recuperação, demonstram, o nível de semelhança entre a micota atual e aquela que havia nas condições pristinas, sendo igualmente relevantes para a compreensão das modificações da diversidade dos fungos ao longo do tempo.